以國家自然科學基金重大項目、國家十五攻關項目以及863系列專題等項目為主體進行基礎研究，2005年至今，建筑工程系獲取國家科學技術進步獎10項、省、部級科技進步獎34項、上海市科技進步獎46項。

建筑工程系基于歷年來申請的國家自然科學基金、國家十五攻關項目、863系列專題項目、省部級項目及橫向課題展開科學研究。2000年來，我系在國內外發表論文近7000篇，其中國際期刊1472篇、國內期刊4139篇、國際會議1292篇。

結合自己的科學研究成果和工程實踐經驗，至今建筑工程系教師出版著作80余本。

長期以來，特別是近年來，隨著國家基礎建設的發展、科研成果的積累、新技術新工藝的采用，工程結構的主要國家標準、協會標準、地方標準及行業標準，建筑工程系幾乎都參加了相關課題研究和歷次修訂。至今，建筑工程系主編參編的已實施的國家標準、協會標準、地方標準、行業標準共130余本。

2006年來建筑工程系獲取專利三百余項。